镇川邑上桂里莲谷里是三国时代新罗和高句丽的国境地带,上桂里桂阳村的淡安田里有洪武大王金庾信的诞生地,万赖山上有胎灵山城、万赖山城,在据说高丽时代曾为大寺址的莲谷里碑立洞有推测在高丽初期建成的宝物404号-白碑,正好位于田地中央,建立碑阁后保存于宝塔寺境内,有与莲谷寺址相关的3层石塔。
1991年度古建筑文化财团视察了这里,在申荣勋文化遗产专业委员的监督下,1992年5月开始建设宝塔寺,1层以沈周为中心供奉着四方佛,2层供奉着经传,3层供奉着弥勒3尊佛。
宝塔寺这个名字的意思根据法华经见宝塔品,为了向多宝如来证明和赞叹释迦摩尼佛祖的法文而建立七宝塔。虽然未能做到,但建立了宝贝塔,希望向所有人的心中传达佛祖的教诲,希望胸怀慈悲心和幸福,遂称其为宝塔寺。